O programa de mestrado em Agronomia, cuja área de concentração é Sistemas para Produção Agropecuária Sustentável, visa abordar as áreas de produção agropecuária integrando os aspectos ambientais no planejamento das atividades de exploração agrícola, promover a geração de conhecimentos e capacitar profissionais para a pesquisa, ensino e extensão, além da formação de mão de obra qualificada para desenvolver e dirigir de maneira sustentável as explorações agrícolas e pecuárias. Está estruturado para a geração de conhecimentos e formação de recursos humanos nas linhas de pesquisa de Produção Agropecuária Sustentável e Sanidade Vegetal por meio de projetos de pesquisa abrangentes. As questões ambientais são tratadas apoiadas na utilização de geotecnologias para um diagnóstico ambiental mais rápido e abrangente e, dentro da legislação vigente e bases ecológicas, buscar a mitigação da atividade agropecuária e recuperação das áreas degradadas. O programa conta com 14 professores permanentes sob regime de tempo integral e dedicação exclusiva, com doutorado e pós-doutorado pertencentes ao quadro da Universidade.